対馬海峡付近の梅雨前線に向かって暖かく湿った空気が流れ込み、25日は九州北部を中心に大気の状態が不安定になり、各地で雷を伴う激しい雨が降った。長崎地方気象台は「五島市、新上五島町で50年に1度の記録的な大雨になっている」と発表し、土砂災害に厳重な警戒を呼び掛けた。

 気象庁のレーダー観測では長崎県を中心に線状降水帯のような強い降水域が確認された。佐世保市付近で解析雨量が120ミリ以上となるなどし、同庁は記録的短時間大雨情報を相次ぎ発表した。同県のほか佐賀県にも土砂災害警戒情報が出た。長崎県佐世保市では1時間に80ミリを超える猛烈な雨が降った。