菅義偉首相は5日の参院予算委員会で、日本学術会議の会員候補6人の任命を拒否したのは、内閣府との間で学術会議が行っていた事前協議がなかったことが要因だとの新たな見解を示した。「以前は正式な名簿の提出前に一定の調整が行われていた」と述べた。野党は「学術会議の運営に対する政治介入だ」と批判。首相は学術会議による候補推薦の法的位置付けに関し「推薦を尊重しつつも任命権者として判断する」と述べ、自身に裁量の余地があるとの認識を表明した。

 事前協議について、首相は「今回は推薦前の調整が働かず、結果として任命に至らない者が生じた」とも主張した。