今年のドラフト会議は新型コロナウイルス感染防止のため例年とは異なる形式での開催となる。従来のように全球団が一堂に会さず、各球団がそれぞれの個室からモニターをつないでリモートで指名。1位指名が重複した場合は、別に用意される抽選用の部屋へ移動してくじを引く。

 2位以下の指名順は例年は今季の成績に基づいて決める。だが、今年は開幕が遅れてドラフト会議がレギュラーシーズン中の開催となったため、会議前日の25日時点の順位で指名順を決定。今年は優先権がパ・リーグにあるため、パ6位のオリックス、セ6位のヤクルト、パ5位の日本ハム…の順になった。